Strukturę organizacyjną Zakładu tworzą następujące komórki organizacyjne i stanowiska pracy:
1) Kierownik Zakładu,
2) główny księgowy,
3) stanowisko pracy ds. obsługi księgowej i spraw administracyjnych,
4) sekcja ds. programowania i administrowania systemami komputerowymi,
5) wieloosobowe stanowisko pracy ds. obsługi systemów aplikacyjnych i bazodanowych,
6) sekcja ds. techniczno – eksploatacyjnych,
7) sekcja ds. administracyjnych, wdrożeniowych, szkoleniowych,
8) wieloosobowe stanowisko pracy ds. przetwarzania danych,
9) wieloosobowe stanowisko pracy ds. obsługi Delegatury PUW.